A rendszerváltás után a Soros Alapítvány felmondta az együttműködési megállapodást a Magyar Tudományos Akadémiával. Az 1991-es 'válás', egy politikai 'kényszerházasság' 7 éve után, csöndes és jórészt formális aktus volt, hiszen az Alapítvány valójában már 1989 nyarától kivívta önállóságát. Minden esetre új jogi státuszt és vele teljes függetlenséget garantált az elkövetkező 16 évre.